2002年，在机构改革中，环境保护机构得到加强。全市共设有各类环境保护机构45个，其中环保局15个，环境监测站15个，环境监理（察）所（队）13个，环境科学研究所1个，环境信息中心1个。市及县(市)区环保系统总人数473人，此外，还有一批工业系统，大专院校、科研单位从事环境保护工作的专业人员。
昆明市环境保护局内设机构仍为七处一室，新设置了城市环境保护处。下辖事业单位4个。
