为认真贯彻省政府在2008年9月12日召开第10次常务会议精神和省委书记白恩培、省长秦光荣作出六点重要批示精神，昆明市人民政府立即组织水利、农业、国土资源、林业、卫生、旅游、经委和宜良县、呈贡县等相关部门编制《阳宗海水体污染综合整治工作方案》。

方案以“坚持以人为本，全面落实科学发展观，以饮用水安全为重点，综合运用法律、经济和必要的行政手段，坚持不懈地推进阳宗海水体污染综合整治，保障人民群众身体健康为”指导思想。以“立即实施禁止饮用阳宗海的水，禁止用阳宗海的水游泳和洗浴，禁止捕捞阳宗海的水生产品等“三禁”工作；立即组织查处污染企业，堵住污染源头；立即全面启动阳宗海水污染综合治理措施，力争用3年左右时间将阳宗海水质恢复到Ⅲ类“为目标。以“全面调查、系统分析、突出重点、科学决策；上下一致、区域联动、部门协作、群众参与；宣传教育、适时监控、动态管理、保障有力”为工作原则。以实施“三禁”和加强流域环境监管与环境监测等六项措施为工作重点。

9月19日，昆明市政府办公厅正式下发《阳宗海水体污染综合整治工作方案》。